Modèle de voeux pour une mutation

Des estimations précises des taux moléculaires sont fondamentales pour notre compréhension des processus d`évolution. En principe, on s`attend à ce que les taux de mutation et d`évolution des régions neutres du génome de la même espèce soient égaux [1]. Toutefois, sur la base de constatations empiriques, on a récemment fait valoir que les taux moléculaires varient en fonction de la période de temps sur laquelle ils sont mesurés [2] – [4]. Par exemple, Parson et coll. [5], Santos et coll. [6] et Howell et coll. [7] ont rapporté des taux de mutation très élevés de la région de contrôle mitochondriale à l`aide de pedigrees humains. Plus récemment, une série d`anciennes estimations basées sur l`ADN des taux évolutifs de la région témoin ont été rapportées chez une gamme d`autres vertébrés [8] – [10]. Par exemple, Lambert et coll.

[8] ont enregistré un taux de 0,96 substitutions/site/million d`années (s/s/MyRs) pour la région du HVRI du génome mitochondrial des pingouins Adélie. Ces taux sont également généralement élevés et ressemblent à de nombreuses estimations de taux d`ascendance [p. ex. 7]. En outre, les taux estimés à l`aide de niveaux de divergence interspécifiques, généralement étalonnés par rapport à l`enregistrement fossile [11] ou à un événement biogéographique [12], sont plus lents que l`ancienne estimation basée sur l`ADN. Globalement, ces taux de changement moléculaire diffèrent d`un ordre de grandeur [13]. Le modèle de mutation par étapes (SMM) est une théorie mathématique, développée par Motoo Kimura et Tomoko Ohta, qui permet d`étudier la distribution à l`équilibre des fréquences alléliques dans une population finie où les allèles neutres sont produits par étape-sage Mode. [1] chacun de ces locus microsatellites a été conservé s`il avait une séquence d`accompagnement de longueur ≥ 200 BP sur au moins un côté de la répétition dinucléotide chez les deux espèces et une séquence d`accompagnement de longueur ≥ 50 BP de l`autre côté chez les deux espèces.

Une répétition composée est définie pour avoir plus d`un motif, chacun de la longueur de répétition ≥ 10, dans un rayon de 50-BP. Trente pour cent des loci contenaient des répétitions composées dans au moins un des homologues et étaient exclus d`une analyse plus poussée. Enfin, les loci dont les répétitions simples dans au moins une espèce ont été interrompues par deux ou plusieurs mutations ponctuelles ont été omis. Ainsi, 383 locus candidats ont été obtenus. Environ 70% de ces loci se sont produits dans le chromosome 7 humain. Quinze pour cent de ces 383 loci ont été omis car leurs homologues humains étaient ≤ 9 unités en longueur répétée. Parmi les 321 loci restants, 78% étaient des répétitions AC (c.-à-d. les répétitions AC, CA, TG et GT), 13% étaient des répétitions AT (à savoir les répétitions AT et TA), et 9% étaient des répétitions AG (à savoir les répétitions AG, GA, TC et CT). Il n`y avait pas de répétitions CG (à savoir CG et GC). La courbe représente la prédiction du modèle, compte tenu du nombre estimatif de mitochondries transmises entre les mères et les poussins (N = 36,5). Nous testons l`hypothèse de taux de mutation égaux pour tous les allèles (EU1) par rapport à une hypothèse de taux proportionnels (PU1).